大切な決意を胸にプロ棋士として新たなスタートを切ったヒカル。佐為直伝の棋風にヒカルの感性が重なる時、囲碁界を揺るがす嵐が巻き起ころうとしていた。プロ棋士編、ここに開幕！！千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

プロ試験を通過し、棋界に入ったアキラは、“新初段シリーズ”で王座・座間と初対局！！　一方、そのアキラの背を追うヒカルは、“院生試験”という棋界への最初の扉をくぐろうとしていた…！！　千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

三谷、筒井、ヒカル、葉瀬中囲碁部は、中学夏季囲碁大会に挑む——！　待ち受けるは“最強”海王。アキラと対局で見合った刹那——ヒカルの胸にほとばしるのは押さえがたい想い…！！　千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

千年の星霜　星天の旅路　ただ　ただ君と邂逅うために。棋聖・藤原佐為と名人・塔矢行洋の対局に、ヒカルは、神の一手へと続く棋道の一筋を垣間見る。そして動き出す運命の砂時計。「もう己は在り続けられぬ」と悟った佐為。千年棋士が最期の刻、胸に抱く想いとは？　千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

囲碁漬け青春にふと疑問を感じる奈瀬…ほか、本編登場人物の番外編合計6話を収録。『碁ジャス・キャラクターズガイド』収録の特別読切、佐為平安最後の夜を描く「千年放浪」も完全採録。千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

院生に入った時から、兄貴分としてヒカルを鍛えてくれた和谷。 ヒカルより年下ながら、圧倒的棋才を以て己が道を行く越智。 目標は試験合格だけじゃない。 意地と誇りを懸けた最終局面！！ 千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

千里の放浪　棋友の宿縁　ただ　ただ朝を目指すために。佐為が消えた――。行方を探せば探すほど、ヒカルの中で薄れていく姿。絶望の底、ヒカルは碁を捨てる。一方、伊角はプロ受験を控え、単身、中国棋院に身を寄せる。遥かな棋道を志しながら、惑い、彷徨う者たちの行方――。千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

黒白の交点　変革の予兆、神の一手　此処に始まる。 プロ棋士入りを果たしたヒカル。最初の記念すべき対局は、トップ棋士の洗礼を受ける新初段シリーズ。祝福イベントのはずの一戦は、名人・塔矢行洋の指名対局でその様相を不穏に変えていく。藤原佐為、ついに顕現！？ 千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

剥き出しの才能のぶつかり合い…。日中韓三国の若獅子たちが、己の才気を揮う大舞台。棋士・進藤ヒカルが挑む相手は、世界最強の座に最も近い才児、韓国の高永夏。優勝の行方は？　“神の一手”は？　『北斗杯』が今、棋界の明日を映す。 千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！

“棋界最強”の呼び声高い塔矢名人を父に持つ才児、塔矢アキラ。ヒカルと対局する最中、ヒカルの内に潜む“幽鬼”に彼が初めて気付いた時、物語の歯車は大きく音を立てて動き出す――！　千年の時渡る囲碁ロマン、待望の完全版化！